Історія парафії Найсвятішого Серця Ісуса в Чернівцях тісно пов’язана з присутністю в цьому місті єзуїтів. Початок їхньої душпастирської діяльності можна віднести до 1885 року, коли архиєпископ Зигмунт Щенсний Фелінський подарував єзуїтам свій будинок. Вони відкрили там каплицю, де виголошували проповіді польською та німецькою мовами. У 1894 році о. Францішек Еберхард SJ (1844-1905) завершив будівництво костелу після
чотирьох років роботи, а також побудував будинок у готичному стилі, який слугував резиденцією. Костел був освячений 25 жовтня 1894 року архієпископом Северином Моравським.
Побудувавши костел і монастирський будинок, єзуїти в Чернівцях змогли розширити свою діяльність: перебрали на себе катехизацію в народних школах, заснували Собору Божої Матері, проводили місії для народу. Під час Першої світової війни Буковина стала зоною бойових дій – через регіон проходила лінія фронту, а саме місто кілька разів переходило з рук в руки. У 1916 році Чернівці окупували росіяни, а через два роки вони увійшли до складу Румунії.
У 1924 році, у зв’язку з новою політичною ситуацією, тодішній генеральний настоятель єзуїтів о. Влодзімєж Лєдоховський SJ заснував Румунську місію, до якої включив і чернівецьких єзуїтів. Єзуїти продовжували свою діяльність до 1944 року, коли був заарештований останній парох, о. Владислав Куморович SJ. Його депортували до Монголії, а згодом до Казахстану. Повернувся до Польщі під час хвилі репатріації в 1956 році. У 1961 році став настоятелем єзуїтської спільноти і парафії в Битомі, але у вересні того ж року був смертельно збитий автомобілем. В історії чернівецької парафії та Львівської архидієцезії о. Куморович залишився в пам’яті як ревний парафіяльний священик, який організував допомогу біженцям з Польщі у 1939 році. Від 1941 року він також служив генеральним вікарієм для Буковини.
Коли ця частина Буковини увійшла до складу Української Радянської Республіки, церква була остаточно конфіскована. Недовгий час вона служила православним храмом, після чого була перетворена на архів.
Костел був відновлений у 2010 році і зараз проходить капітальні реставраційні роботи, щоб відновити хоча б частинку його колишньої слави.
